О детстве Томаса Джонса известно очень немного. Он был уроженцем Уэльса и в молодости, в 1690 году, принимал участив в битве при Бойне на стороне Джеймса II против Уильяма III, в результате чего бы сослан в Ирландию. Выбраться оттуда он смог только получив из рук короля Уильяма каперское свидетельство, дающее право нападать на любые французские суда.

Томас Джонс подготовил корабль к плаванию, набрал команду и в 1692 году отправился в Вест-Индию. В течении следующих четырех лет он занимался неприкрытым пиратством и к 1696 году скопил немалое состояние. Он купил большое имение на Лонг-Айленде, там, где сейчас находится Массапекуа. Залив Джонса в Саут-Бей и Джонс-бич названы в его честь.

Вернувшись, Томас Джонс стал весьма заметной фигурой в нью-йоркском обществе, но о происхождении своих богатств предпочитал не распространяться. Его семья благоденствовала до окончания войны за Независимость, когда Конгресс принял закон о лишении гражданских и имущественных прав за государственную измену, целью которого было конфисковать собственность, принадлежавшую лоялистам (Джонс поддерживал англичан, и ходили упорные слухи, что его имение было прибежищем английских шпионов). Членам его семьи пришлось или перебираться в Нова-Скотию (Канада), или вернуться в Англию, но сам Джонс провернул хитроумную сделку со своих соседом Уильямом Флойдом, одним из тех людей, которые непосредственно подписывали Декларацию независимости.

Сын Джонса, Дэвид, женился на дочери Флойда и поменял фамилию на Флойд-Джонс. В обмен Флойд организовал прохождение через Конгресс специального акта, который изымал имение Флойд-Джонсов из-под юрисдикции этого закона. Джонс сохранил состояние, а Дэвид даже стал спикером Государственной Ассамблеи Нью-Йорка.

Сегодня лонг-айлендская усадьба является частью Национального парка. Сохранился и особняк Томаса Джонса, и кое-кто верит, что пиратские сокровища, до сих пор где-то зарыты на ее территории. Какой-то неудачливый и, соответственно, разозленный охотник за сокровищами даже выцарапал следующую надпись на его могильной плите:

Под этим камнем

Покоятся кости

Пирата Джонса

Но в этой яме с соленой водицей

Вы найдете только его гроб;

Все остальное давно в аду!